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微生物可以分为原核微生物、真核微生物和病毒三大类。
1、原核微生物：无核膜，核物质裸露在细胞质中，不进行有丝分裂。包括细菌、放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体和蓝细菌；
2、真核微生物：具有真正的细胞核。包括酵母菌、霉菌和大型真菌。大型真菌包括各种蘑菇、蕈、灵芝等；
3、病毒：超显微的，没有细胞结构的专性活细胞寄生的大分子微生物；
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