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利用金属的平衡相图,确定不同要求的退火温度,例如钢材的再结晶退火,是在再结晶温度区间加热。
退火温度为引物和模板结合时候的温度参数,当百分之五十的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度,它是影响PCR特异性的较重要因素,在理想状态下,退火温度足够低,以保证引物同目的序列有效退火,同时还要足够高,以减少非特异性结合,合理的退火温度从554度到70度,由于模板DNA比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞,这就使PCR后期的过程成为可能。