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南京审计学院现设三个系:审计学系、国际审计系、工程管理系;下设四个专业:审计学专业、审计学专业、审计学专业IAEP方向、工程管理专业工程审计方向。
南京审计学院会计学院:会计理论、财务会计、成本会计、财务管理。
南京审计学院管理学院下设4个系:工商管理系含金融企业管理专业、市场营销系、人力资源系、物流管理系。