先秦时期肇庆属南越。秦始皇三十三年(公元前214年),秦平定岭南,设“桂林、象、南海”3个郡。南海郡包括今粤东、粤北、粤中和粤西的一部分。今肇庆部分地域属桂林郡、南海郡。秦置四会县,辖区包括现四会、广宁、怀集等市县的全部或部分,隶南海郡。
汉武帝平定南越国之后,在今高要、肇庆市区、高明和三水西部、云浮东部等地设置高要县。
西汉元鼎六年(公元前111年)地域内置8县,四会县隶属南海郡;广信县、谢沐县、高要县、封阳县、端溪县5县隶属苍梧郡;高凉县、临允县隶合浦郡;统属交州。
东晋永和七年(公元351年),置16县,分隶4郡,统属广州。四会县、怀化县隶南海郡;广信县、高要县隶苍梧郡;元溪县、端溪县、封兴县、都城县、晋化县、龙乡县、夫阮县7县隶晋康郡;临允县、新兴县、南兴县、单牒县、平兴县5县隶新宁郡。
中华人民共和国成立后,肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月,肇庆改为省辖市,辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。