因在清代白莲教分教众多,领导众多,所以在清代没有确切的教主。
白莲教的组织到了清代分布很广,黄河上下,大江南北到处都有,尤其是直隶、山东、山西、湖北、四川、陕西、甘肃、安徽等最为活跃。各阶层人民踊跃参加,在农村中则有“乡约吃教”,在城镇、集市则有“差役书办吃教”。当时教门派别很多,有清茶门教、牛八教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门,其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多,影响最大。它本身又分为许多别支,各以教主、首领为中心,组织相当复杂。
领导人的名称也很多,有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”、“先锋”等等。它的这种组织形式,适应于秘密传教,分散活动。