清朝定都北京后,撤消皇城内诸内廷供奉衙署,将西苑大片土地改为民居,同时在北海、中海、南海三海周围设置“内红墙”,御苑范围退缩至内红墙之内。
相对政治象征的紫禁城,清帝更喜园居,顺治、康熙、乾隆诸帝均在中南海内兴建殿宇馆轩,作为避暑听政之所。同治、光绪年间,慈禧太后及皇帝按礼制在十二月从颐和园移居紫禁城时,也多在中南海内居住,仅行礼时前往紫禁城。戊戌变法失败后,慈禧太后曾将光绪帝囚禁于南海中的瀛台。
1900年义和团运动时期,八国联军入侵北京,中南海成为俄军驻地,苑内文物陈设被掠一空,八国联军总司令瓦德西占领北京后,居住于中南海仪鸾殿。溥仪即位后,曾在中海西岸集灵囿修建摄政王府。