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利用生物反应器生产人类所需的物质，具有生产成本低，效率高，设备简单，产品作用效果显著(或活性高)，减少工业污染等优点。如转基因动物的乳汁能够治疗相应的人类疾病。利用生物反应器还能生产人类所需的营养品如无乳糖奶、含有人的转铁蛋白的牛奶、人牛混合奶等。科学家还利用蚯蚓生物反应器处理有机废物，生产营养价值较高的生物肥料等。
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