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蛋白质的二级结构是指蛋白质的多肽链中有规则重复的构象，限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区段的相互关系及侧链构象。
二级结构主要有α螺旋、β折叠、β转角。常见的二级结构有α螺旋和β折叠。二级结构是通过骨架上的羰基和酰胺基团之间形成的氢键维持的，氢键是稳定二级结构的主要作用力。
蛋白质的二级结构指肽链中的主链借助氢键，有规则的卷曲折叠成沿一维方向具有周期性结构的构象。
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