公元208年,曹操把持了朝政,当上了丞相,曹操生性残暴,要求华佗留在他的府上,其他的工作一律不许做,只能专心的做他的侍医。华佗看清了曹操的残暴,不愿意为他做事,于是找了个借口向曹操请假回家乡,回去之后就再也没有回曹府。
曹操多次写信给华佗催促他回去,甚至让地方县令去找华佗,让他回到曹操身边,但华佗以妻子身体不好的理由拒绝了。于是恼羞成怒的曹操派人去华佗的故乡把他抓了回来。
华佗被抓后受到了严刑拷打,曹操坚持要让华佗为他做事,但华佗坚贞不移,始终不肯屈服。最终曹操下令处死华佗,很多人都为华佗求情,认为他的医术高出,处死很可惜,但曹操不予理会,华佗就这样被曹操处死了。
而历史上广为流传的说法是,华佗在治好了曹操的头疼后,曹操担心以后还会复发,就强行把华佗留在身边,华佗宁死不从就被处死了。但是《三国演义》中关于华佗死因的解释,是华佗认为要医治曹操的头疼病,要把脑袋切开去除头中的风涎,这样才能治好。但是曹操却认为华佗是想取他性命,所以就把华佗关到了监狱,后来又杀死了他。
华佗到底是怎么死的,至今还没有明确的答案,还有人说华佗是在给曹操治疗头疼,试毒的时候被毒死了。
《三国志》中记载的则是华佗在给曹操治病的时候,过了约定的期限没有回去,导致曹操勃然大怒,下令处死了华佗。由此可见,不管华佗具体是怎么死的,都跟曹操有着很大的关系。