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碱基配对是DNA双螺旋结构和单链RNA的基础，也是复制、转录和翻译作用的依据。
核酸链间腺嘌呤和尿嘧啶或胸腺嘧啶以及鸟嘌呤和胞嘧啶的专一氢链结合。分子杂交技术就是根据碱基配对的原理设计的。碱基配对后形成碱基对，常用作DNA分子的量度。配对的碱基互称互补碱基，若一条核酸链的碱基序列与另一条核酸链的碱基序列反平行配对，则二者互称为互补链。
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