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商标侵权案件的办理程序如下：
首先，要注意对证据的收集。
第二步，我们在对证据进行了初步的收集整理后，应该到专业的代理机构进行咨询。
第三步，制作投诉书或起诉书。
最后，进行投诉或起诉。
【法律依据】
《商标法》第63条规定：“侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定;实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定;权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上三倍以下确定赔偿数额。赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予三百万元以下的赔偿。”
