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直系同源指的是:不同物种之间的某一部分具有的同源性,不是整个物种之间的对比,只是其中的某些基因序列。例如,蛋白质的同源性,DNA序列的同源性。
若一个基因原先存在于某个物种,而该物种分化为了两个物种,两个物种中的相同的基因功能未变化,那么新物种中的基因是直系同源的。