南书房:是清代皇帝文学侍从值班之所,皇帝每外出巡幸亦随扈。皇帝即兴作诗﹑发表议论等场所。进而常代皇帝撰拟诏令谕旨,参预机务。
军机处:是清朝官署名,也称军机房、总理处。是清朝时期的中枢权力机关,乾隆帝时期复设军机处,从此成为清朝的中枢权力机关,一直到清末。
区别:南书房设立于康熙朝,原只是康熙读书的地方,后演变为拟召,谕旨,处理军国大事的地方。待雍正朝成立军机处后,实权更归军机处,至光绪年间撤销;军机处成立于雍正朝,设在靠近养心殿处,方便皇帝及时了解军国大事,后演变成清廷最高权力机构,军机大臣更成为了帝国的当权者。