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原因：所有的蛋白质都有一定的构象，蛋白酶是通过和蛋白质特异性结合通过构象中特殊位置的结合，从而影响该位置的稳定性，使得该位置的键或分子间作用力断裂而达到分解蛋白质为多肽，例如一些蛋白酶可以和二硫键作用，一些可特异性识别某些氨基酸残基等等。
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