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现存鱼类分为软骨鱼系和硬骨鱼系两大类。
软骨鱼系,终生无硬骨,内骨骼由软骨构成。体表大都被楯鳞。鳃间隔发达,无鳃盖。
硬骨鱼系,骨骼不同程度地硬化为硬骨。体表被硬鳞、圆鳞或栉鳞,少数种类退化无鳞。皮肤的粘液腺发达。鳃间隔部分或全部退化,鳃不直接开口于体外,有骨质的鳃盖遮护,从鳃裂流出的水,经鳃盖后缘排走,多数有鳔。