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柚子树可以施有机肥或者复合肥，有机肥要腐熟后使用，常用的有猪粪、鸡鸭粪、羊粪、人粪尿、菜籽饼、茶籽饼等，也可以买商品有机肥，一般每株用粪尿肥5-10公斤，枯饼类1-2公斤。复合肥可以使用1：1：1的，也可以使用高氮复合肥，每株用3-5两即可。同时有机肥和复合肥可以混合使用，当混合使用时，两者的用量均减半。
柚子树在施肥时以穴施，沟施为宜，少量多次，在滴水线附近。从发新芽到开花结果到采收一共施三次肥就行可以了（2月4月6月各一次），不同季节施肥时，冬天大量用埋的，春夏用撒的，小量补肥。
