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申花队1993年成立，被誉为上海足坛教父的徐根宝，是球队的第一任教练，带队3年。其中，1995年申花队在联赛中获得了9连胜的奇迹。队长范志毅荣获联赛最佳射手和中国足球先生两项荣誉。这3年的辉煌也直接奠定了申花队在中国足坛传统强队的地位，同时涌现出了一大批优秀的球员。当时国家队的半壁江山是由上海申花队占据的。
2003年申花队再获联赛冠军。申花队是中国顶级联赛获得亚军次数最多的球队，一共9次，此外还拿过2次季军。中国职业联赛至今，只有四支球队没有降过级，上海申花就是其中之一。
