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1、清塘消毒。就是在鱼、虾养殖池经清淤修整后，用生石灰加水溶化后趁热全池泼洒。池内留水6～10厘米深，每平方米水面用生石灰85～110克，水深1米时每平方米水面用生石灰80～400克，24小时后池水的pH值在11左右，可迅速清除野杂鱼虾、大型水生生物、寄生虫和细菌等。这种消毒方法比较彻底，一般是在下鱼苗前进行，重在清除鱼塘里有害生物，避免鱼苗的死亡与侵害。
2、鱼种消毒。鱼种放养前要进行消毒，可用一定浓度的食盐水或药水浸泡鱼体，以杀灭寄生在鱼体上的病菌和寄生虫，具体浸泡时间视水温高低、药物浓度、鱼种体质而定。
