官渡区辖4个街道、3个镇、3个乡,其中1个民族乡:关上街道、太和街道、东站街道、金马街道、小板桥镇、官渡镇、大板桥镇、阿拉彝族乡、矣六乡、六甲乡,
1956年10月19日,经云南省人民委员会批准,昆明市人民委员会将原第五区、六区合并为官渡区;
1958年12月,龙泉区并入官渡区;
1961年小哨片区由嵩明县成建制划归官渡区;
2004年,国务院批准调整昆明市市辖区行政区划:调整昆明市五华区、盘龙区、官渡区、西山区的行政区划;
2006年,撤销小哨乡,其行政区域并入大板桥镇,调整后,官渡区辖关上、金马、东站、太和4个街道办事处,大板桥、小板桥、官渡3个镇,矣六、六甲2个乡和阿拉彝族乡。