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DNA的二级结构是指两条多核苷酸链反向平行盘绕所生成的双螺旋结构。两条多核苷酸链以相同的旋转绕同一个公共轴形成右手双螺旋,螺旋的直径2.0nm;两条多核苷酸链是反向平行的,一条5’-3方向,另一条3’-5’方向;两条多核苷酸链的糖-磷酸骨架位于双螺旋外侧,碱基平面位于链的内侧;相邻碱基对之间的轴向距离为0.34nm,每个螺旋的轴距为3.4nm。