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1、去碳功能。芽孢杆菌具有丰富的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶、脱氢酶、脱羧酶、氧化酶等能强烈的分解碳系污染物，分解蛋白质和复杂多糖，对水溶性有机物分解也有重要的作用。芽孢杆菌通过其酶的作用，能分解悬浮物和底泥，从而维持水生生态环境平衡。把芽孢杆菌菌液浓度≥1010个/g)投入养殖池，能降低水中COD、BOD，有效改善水质和周围环境。
2、去氮、去硫功能。高密度集约化养殖给养殖池塘生态环境带来了严重的污染，研究表明，池塘每生产1吨虹鳟池塘总磷和总氮的负载分别为25.6kg和124.2kg。过量的N、P排入水体引起池塘富营养化，在池塘内也易形成对水产动物有毒性的NH4+-N、H2S，影响动物的生长，甚至死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶，强烈分解氮系、硫系污染物，净化养殖水体。
3、分解淤泥。用芽孢杆菌为主的微生物复合制剂，其活菌数为109个/g，用量为1.5~4.5mL/m3，经1个月试验表明，池底淤泥被分解了3~125px。利用芽孢杆菌制剂改良底质的应用实验结果表明，有机碳未出现积累，芽孢杆菌降解有机碳效果显著；总氮出现积累现象，处理组与实验组之间差异不显著；碳氮比在底质中呈下降趋势。
4、絮凝作用。芽孢杆菌有很好的絮凝作用，且复合芽孢菌株比单株芽孢杆菌的絮凝效果好。这种絮凝作用可以将水体中的有机碎屑互相粘连在一起，构成菌胶团，担负氧化分解的任务，将有机物结合成絮状，使重金属离子、P元素沉淀，水体净化。
5、硝化作用。硝酸根离子在芽孢杆菌作用下，经亚硝酸根离子，一氧化氮，一氧化二氮被还原为氮气，即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌，以分子氧为载体，在供氧不充分的时间与空间，可以利用硝酸盐为最终电子载体产生氮氧化合和氮气，而起反硝化作用，将硝酸盐移出系统外，提高pH。
