药师兜一开始是间谍的形象,是大蛇丸的手下,属于坏人的行列,但是在结局中被洗白,最后成为了孤儿院的院长。
药师兜是从事间谍的工作,收集各国资料为木叶村效力,但是在这期间他也一直为大蛇丸工作,中间不知出于何种原因,药师兜被木叶村抛弃,在和鼬的战斗中他也说过,我和鼬为木叶村做了这么多,没想到换来了竟然是污名。所以说药师兜对木叶村也有一定的仇恨。
兜在前期的剧情中几乎是配角的形象,他看到别人一个个都有很强大的能力,自己这么渺小,从来没有人正眼看过自己,于是选择了自己的道路,利用大蛇丸多年的资料,将他的细胞转移到自身的体内,随后去了龙地洞学习了仙术。为了引发战争,决定四处寻找尸体使用秽土转生,还发现了宇智波斑的尸体,这是他最大的收获。
兜这么做的目的就是想让大家认识到自己的存在,鼬非常清楚他的这一点,决定利用伊邪那美让他重新认识自己的错误。随后在佐助受伤的时候,兜赶来救援,他已经找回了迷失的自我,解开了伊邪那美的束缚。