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真核细胞型微生物、原核细胞型微生物、非细胞型微生物。真核细胞型微生物的细胞核的分化程度较高,有核膜、核仁和染色体;胞质内有完整的细胞器(如内质网、核糖体及线粒体等)。真菌属于此类型微生物。
原核细胞型微生物的细胞核分化程度低,仅有原始核质,没有核膜与核仁;细胞器不很完善。