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国清寺创建于隋开皇十八年（598年），位于浙江省天台山南麓，这里五峰环抱，双涧萦流，古木参天，伽蓝巍峨，是中国佛教天台宗的发祥地，也是日本和朝鲜半岛佛教天台宗的祖庭，与山东长清灵岩寺，江苏南京栖霞寺，湖北当阳玉泉寺并称“天下四绝”。这里也是济公活佛出世的地方。
相传，陈宣宗太建七年（575年），智顗带慧辩等二十余名徒到天台，结茅成庵，遍植松柏，数年之间，规模扩展，竟成街衢，陈宣宗对智顗十分礼敬，为智顗在天台山上敕建寺院称“修禅寺”、并 “割始丰具（即今天台县）调（赋税）以充众费，蠲两户民（劳役）以供薪水”。智顗在修禅寺坐禅修行，前后十年。此后，在陈后主的恳请下，下山到金陵讲经说法，但正值陈末陈末战乱之时，智顗即离开金陵云游，先后至庐山、南岳、荆州、扬州，最后于隋开皇十五年（595年）回到天台山，前后又。余年时间。此时，修禅寺已荒废了，智顗发愿要在天台山另建佛刹，但未能如愿即去世了。智顗圆寂后，弟子灌顶遵循智顗遗愿，得到晋王杨广的支持，于隋开皇十八年（598年） 开始建寺。寺成，初名天台山寺。大业元年（604年）太子广即位，尊智顗“寺若成，国即清，当呼国清寺”之遗言，而赐额“国清寺”。国清寺是在灌顶主持下兴建的，他也是国清寺的第一位住持。灌顶（561-632），俗姓吴，字法云，祖籍常州义兴（今江苏宜兴），后移居临海章安（今章安镇）。七岁从摄静寺慧拯出家，二十岁受比丘戒。南朝陈后主至德元年（583年），到天台山修禅寺拜智顗为师，禀受观法，精心研究，遂为侍者。智顗平生著述，多由他集录成书，是智顗创建天台宗的得力助手。智顗圆寂后，他一方面整理智顗的著述，另一方面修国清寺，并以国清寺为基地传弘天台宗教法。天台宗是由智顗开创，而后由灌顶继承并发展起来的。
自灌顶建寺以来，国清寺时有兴衰。唐会昌五年（845年）灭佛时，寺宇全毁，僧侣还俗。大中五年（851年）至咸通五年（864年）间又陆续重建，书法家柳公权题“大中国清寺”额。宋景德二年（1005年）改名为“景德国清寺”。建炎四年（1130年）诏易教为禅。元时禅教互争，至正元年（1341年）曾修缮，不久因寺僧相攻而衰废。明洪武十七年（13以年）又毁于大风。隆庆四年（1570年）重建大殿，后又毁。万历二十五年（1597年）又重建。清雍正十一年（1733年）八月至十三年八月问又重建，后又有增修。十年动乱中，佛像被砸，文物被抄，法器、石狮毁坏殆尽。1973年对建筑进行全面整修后，重又修复佛事活动，并对外开放。
国清寺与日韩的佛文化、茶文化有着不解之缘。
天台宗弘传日本，与日本“遣唐使”关系密切。唐顺宗永贞元年（804年）日僧最澄带着弟子义真，到达大唐明州（宁波）海岸，经台州，直登天台山国清寺学佛。次年回国时，带回天台宗经纶疏记及其它佛教经典的同时，还带去茶籽。后在日本依照天台国清寺式样设计建造了延庆寺，还在近江台麓山试种茶树，当为日本种茶之始。
中韩两国佛教的友好交往源远流长，早在南陈时，新罗僧缘光即于天台山国清寺智者大师门下服膺受业，随着天台山宗佛教的友好往来，饮茶之风很快进入朝鲜半岛，并很快从禅院扩展到民间。公元十二世纪后，新罗德兴王又派遣唐使金氏来华，其实唐文宗赐予茶籽，朝鲜开始种茶。从此，饮茶之风很快在民间普及开来。
总的来说，国清寺对中国茶叶东传，特别是日本，韩国的饮茶与种茶，起到重要的作用。
