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1、科属不同。木瓜和番木瓜的科属不同。木瓜就是我国传统的木瓜，市场的宣木瓜说的就是木瓜这种水果；它是蔷薇科木瓜属的植物；而番木瓜则是木瓜科番木瓜属的植物；所以它们是两个完全不同科的水果。
2、果实外形不同。番木瓜和木瓜果实的外形和颜色都是不同的。一般番木瓜的果实是长圆球形的，成熟之后的果实颜色表现为橙黄色或者是黄色人，果实切开之后里面的种子是呈现不规则分布的。木瓜的果实一般是长椭圆形的，果实成熟之后颜色一般是暗黄色，颜色没有番木瓜亮丽，将木瓜切开之后，里面的种子是分在五室的，非常的有规则，所以跟番木瓜是完全不同的。
3、花色不同。木瓜和番木瓜开花的时候，它们的花朵颜色也是不同的，所以我们在花期也是可以分辨出来的。番木瓜开花的时候，颜色一般是乳黄色或者是黄白色；但是木瓜开花的时候，颜色一般是淡淡的粉红色，或者是分钟带有一点点紫色。还有就是花朵的形状也是不同的，我们也能很好的区分。
4、营养价值和功效不同。木瓜和番木瓜的营养价值和功效是不同的，如果吃错对身体是会产生不一样的效果的。木瓜含有丰富的有机酸、维生素，食用木瓜可以起到催奶、止痛、增强免疫力的作用。番木瓜则主要用作药用，它含有大量的木瓜酶、木瓜碱，有很好的减肥和美容效果，所以在我们的生活中常被用来制作成各种护肤品、化妆品等。
5、口感不同。木瓜和番木瓜在品尝的时候他们两者之间的口感还是有很大的去呗的。木瓜吃起来一般是比较酸涩的，所以我们经常会进行腌渍之后再进行食用；而番木瓜的口感则是酸甜的，一般只要将里面的种子去除，然后将皮削掉就可以吃了。
