二者概念不同。
自交是指基因型相同的个体交配,大多数植物没有性别分化,为雌雄同株单性花或两性花植物,如水稻、小麦等两性花植物,其自花授粉的过程就称为自交而玉米、黄瓜等单性花植物,自交是指同株异花授粉,所以自交的概念用于植物时,含义是自花授粉或雌雄同株的异花授粉,动物大多数为雌雄异体,虽有像蚯蚓等雌雄同体的低等动物,但为防止物种衰退现象,它们也通常进行异体受精,因此在动物种群中,自交的含义是指基因型相同的雌雄异体交配。
自由交配指在一群体中,不同的个体之间都有交配机会且机会均等,即有基因型相同的个体交配,也有基因型不同的个体交配,强调随机性,而在间行种植的玉米种群中,自由交配包括自交和杂交方式,对水稻和小麦等主要进行自花授粉的植物来说,自然状态下自由交配的概念不适用,而主要是自交,在人为条件下可以进行自由交配,在动物种群中,自由交配指基因型相同或不同的雌雄异体交配。