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菌种筛选指将从自然界或实验室保藏的菌株中用不同方法选出具有特殊性能的菌株，如筛选抗生菌时可用能对其产生拮抗作用的菌作为筛选对象进行筛选，在筛选能利用烃类的菌时可用仅含烃类的培养基进行筛选。
从自然界微生物中筛选某菌种的一般步骤是：采集菌样，富集培养，纯种分离，性能测定。不同微生物的生存环境不同，获得理想微生物的第一步是从适合的环境采集菌样，然后再按一定的方法分离、纯化。
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