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明朝朱元璋废丞相，取消中书省，皇帝直接统管六部，地方上将行中书省改为布政使司，按察使司，都指挥使司三个部门分管行政，刑名，军事。朱棣开始设内阁，内阁成员不超5人，内阁凌驾于六部之上，六部大事一般都要经内阁批准才得执行，而地方上设置巡抚和总督监管地方三司。清朝基本沿用明朝制度，但雍正帝设置了军机处，自此内阁权力变弱，军机处权力变大。
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