蛇有一个繁殖器官。雄性蛇的交配器是一对半阴茎,平时不显露体外,埋藏在泄殖腔后方而位居尾基腹面的2个肌质的阴茎囊中。阴茎囊由薄层的环肌构成,收缩时能压挤半阴茎而使之翻出泄殖腔外,囊的末端藉韧带联接在尾肌上。半阴茎的腹面正中有深凹的精沟,并由其前方分叉至顶端的龟头。
交配时,2个半阴茎同时从泄殖腔内翻出,但是只有一侧的半阴茎插入雌体泄殖腔中;半阴茎的基部与泄殖腔相通,可将顺输精管而下的精液,沿着半阴茎的精沟,注入雌性体内。
蛇一般在春季初夏交配,夏季产卵孵化,否则幼蛇没有足够时间积累足够的脂肪度过冬眠。9月以后出生的幼蛇,死亡率高达50%。在南美洲的雨林深处,有一种名为彩虹蟒的蛇类很有代表性。为了缓和蜕皮,彩虹蟒会分泌一种带有强烈气味的体油,在旧皮与新皮间产生润滑。