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祖灵祭在原住民各地区都有，原住民对祖灵的信仰，只是泛灵崇拜的一种表现，而未达到人格化的个别祖先的灵魂观念。祖灵是泰雅族一切祭仪的主要对象，有时甚至把猎首携归的敌人的灵魂也包含在内。中部的阿里山曹族则几乎没有祖灵观念，仅在其年终祭仪中举行道路祭。赛夏、布农、阿美诸族的农神与祖灵观念相混淆。排湾、鲁凯与卑南族祖灵祭之观念比较明确，有祖先之灵屋为祭所。祭祀时有招魂、送灵等仪式。
祖灵祭常在收获祭后举行，或与收获祭合并举行，目的在祈求丰收、子孙繁盛与健康平安，也带有报谢及以新谷供献祖先之意。祭仪各地略有不同。祖灵祭的执行团体有三种：第一种是纯亲族团体的氏族，如阿美族的“拉鲁马安”；第二种是亲族团体兼地域团体的祭团，如赛夏族的“加西雅朗”；第三种是亲族，如泰雅族以“格格”为祖灵祭之单位。祖灵祭通常在每月或播种祭、收获祭时定期举行，临时事故发生时也用酒肉祭祀祖灵以为祈禳。各社祖灵祭的祭仪常稍有出入，例如大科嵌族群各家于祭日的清晨捣粟捏成饭团，各家长持饭团到司祭家，用一种松叶和麻丝包扎，司祭家预先备有树架或新竹，以饭团缚于其上；接着由主祭领先，各家长持饭团随之，走到山中大树下，大家再把饭团绑在大树枝上，由司祭高呼诸族名字，唱祝词；祭毕一起归社，开始宴欢。赛夏族的祖灵祭则以地区祭团为单位，族人各家长集合在司祭家中，司祭家梁上悬有一个“神物袋”为祖灵的神位。祭日当天大家各持一把糯粟到司祭家合捣成糕，主祭则蒸米为饭以祭祖灵，唱祝词祈求佑护，祭毕，各家分糕共享，是日各家开始宴饮。
又如排湾族的“五年祭”是一种复杂的祖灵祭，由各贵族家联合举行。传统祀把祖祭仪有一、二、三、五、六年之分，一年祭为小家祭五年祭为大祭，后合并为五年祭，每五年举行一次。通常在小米或山芋收成后举行。祭前，祭司卜日遣人上山采竹和藤蔓，制作藤球和刺球的竹竿，酿酒、制糕、杀猪，整治场地。家族主妇设祭，请暴卒横死的孤魂野鬼到插着绿竹的石凳纳凉小憩，勿再惊扰祖灵莅临，尔后，到房前屋后、墓地等处设祭祀奉祖灵，并与祖灵观赏规模空前的刺藤球仪式。五年祭的第六日有两项活动，就是刺球赛和舞会，刺球赛由为首者抛藤掷于空中，青年们各执一竹枪向之刺去，以刺中次数最多者为优胜。舞会则是全村青年参加，由本村最大头人邀请全村青年饭宴跳舞，这两项活动也是成年仪礼的最后节目。仪礼中青年们在自己家门口和身上带茅草结，以示驱除恶灵。仪式始终充满娱神悦祖、祈神攘福的吉庆气氛。最后，祭司率领部落成员上山围猎，祭祀遂告圆满。
平埔西拉雅人的祭祖仪或叫“番那佛”。他们认为祖灵贮在被称为“安干壶”的陶罐中，一般将陶罐供奉于部落会所或家宅的祭坛上，数量及装饰因部落而异，一般有三个，颈部饰以红布，口部插芭蕉叶。罐里装清水，月初或月半换水一次。平时祀奉米糕、摈榔与兽骨等。祭祀仪式各部落不尽相同，通常一年祭祀三次：农历六月十六日“半年祭”；八月十八日“收割祭”；九月十六日祖灵诞辰，仪式隆重，三个长老各捧一祖灵罐，祈祖保佑全族人寿年丰，尔后取罐中清水挥洒于地。届时，全部落祭以米糕、猪肉、粟酒，日以继夜地宴欢歌舞。
平埔和安雅人的传统祭祖仪式叫“玛布汗瓦格”，传统于农历七月二十至二十二日之间卜日举行，为期三天，由未婚少年“麻达”主祭。参加祭祖的少年于黎明时分举行赛跑，由村中起步，至祖灵地折回，表示继承祖先尚武之风，优胜者得头目奖赏旗帜一面。翌日，正式祀祖。少年沐发，以草绳约束，携长枪，以糯米饭团、芭蕉叶和茅草等祭祖灵，吟唱祭祖歌，酬谢祖灵福佑之恩。第三天，头目率众出猎，全村宴饮歌舞。少年着民族盛装，至头目家欢宴，向头目及长老敬樽。酒酣而歌，顿足起舞，群情激奋。一老妇击鼓为节，众人应和，齐唱颂祖歌，以慰祖灵，祭祀遂告结束。
泰雅人庆贺丰收、酬神谢祖的祭祀活动叫“玛洛斯多安”。通常在小米收割后的六月间举行，为期一月。“嘎嘎”共祭团祭司率众出猎若干次，第一次所获猎物均分与各家成员。其余留作丰年祭所需。出猎期间，恰守禁忌，如有伤亡或其他凶兆，说明有人触犯禁忌，神灵不容，即刻中止狩猎，并将丰年祭推延一个月，如此者三，当年丰年祭自行取消。
