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水中常见的微生物有非细胞生物即病毒和细胞生物两种类型。细胞生物又分为古菌,原核生物如细菌,放线菌,蓝细菌,支原体,立克次氏体,衣原体等,真核生物。真核生物分为藻类,真菌即酵母菌,霉菌,原生动物即肉足类,鞭毛类,纤毛类和微型后生动物。