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两大核算体系的区别主要有：
1、核算范围不同：MPS以物质产品生产为核算范围，把服务活动排除在生产领域以外，影响了对国民经济总量核算的完整性。SNA把国民经济各部门的经济活动全部纳入核算范围，使社会生产、分配、使用各环节紧密衔接，从而形成全面、完整、系统的国民经济核算体系。
2、核算内容不同：MPS实质上是一种实物核算体系，主要描述社会再生产实物运动，对资金运动缺乏完整而系统的反映。SNH增加了资金流量和存量方面的核算内容，并与其他核算相联结，全面巨映国民经济的运行过程。
3、核算方法不同：MPS采用横向或纵向平衡法，并设置一系列平衡表，比较简便和直观，但平衡表之间缺乏有机联系，整个结构不够严密。SNA采用复式记帐法，运用帐户、矩阵等核算形式，把经济流量和经济存量联系起来，组成结构严谨、逻辑严密的体系。
