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微生物按其结构、化学组成、生活习性等差异可分成三大类。
1、真核细胞型微生物,细胞核的分化程度较高,有核膜、核仁和染色体。胞质内有完整的细胞器,如内质网、核糖体及线粒体等。真菌属于此类型微生物;
2、原核细胞型微生物,细胞核分化程度低,仅有原始核质,没有核膜与核仁,细胞器不很完善。这类微生物种类众多,有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌等;
3、非细胞型微生物,没有典型的细胞结构,亦无产生能量的酶系统,只能在活细胞内生长繁殖。病毒属于此类型微生物。