《扫毒2》是《扫毒1》的第二部作品,但是从内容上看并没有连续性,可以看做是单独的两部作品,但是两部作品都是讲述缉毒警察的故事。《扫毒1》讲述是三个从小玩到大的兄弟苏建秋、马昊天、张子伟,一同效力毒品调查科,苏建秋卧底身份在与泰国警方合作时,不慎暴露,在后来围剿行动中,警方人员几乎全部被消灭。
马昊天挟持大毒枭八面佛女儿缅娜而逃出包围,但是八面佛与马昊天作出交换,只要他放回缅娜,他就放走苏建秋与张子伟中一人,但是另外一人就会被丢进鳄鱼池。马昊天几经犹豫选择救出苏建秋,也正是因为这个选择,兄弟三人之间的感情出现问题。三人的身份也发生变化,张子伟成为“毒贩”,马昊天成为阶下囚,为了救出马昊天,苏建秋成为了“劫狱犯”。但是兄弟三人本心并未改变。
《扫毒2》则讲述的是地藏与墨西哥两地毒枭黑吃黑,引发香港毒品市场混乱的故事。几场林正风为保护香港安全而四处奔波,妻子与同事接连死于毒贩之手,让他立誓要讲毒贩一网打尽。另一边,父亲、儿子接连死于毒品荼毒的金融巨子余顺天,明面上作为慈善家帮助他人,发布天价通缉令追杀毒贩,实际上背地里与毒贩有着隐秘的关系,干着黑吃黑的勾当。后来,他的好兄弟地藏贩毒之后,他便与地藏开始你死我活的较量。