克州属于新疆维吾尔自治区,位于新疆维吾尔自治区西南部,地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘,自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤,边境线长达1195千米。东部与阿克苏地区相连,南部与喀什地区毗邻,全州东西长约500千米,南北宽约140千米,面积7.25万平方千米。
克孜勒苏柯尔克孜自治地处塔里木河流域上游,地跨天山山区、帕米尔高原、昆仑山山区及塔里木盆地边缘,山地占全州总面积的90%以上,谷地、盆地遍布山间,属典型的温带大陆性气候,光照充足,干旱少雨,是有名的瓜果之乡。