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减少基因突变对编码序列的损害,突变有较大可能会发生在漫长的内含子上;是新基因产生的温床,内含子序列的改变可能影响剪切方式;有些内含子中包含转录调控序列,可以结合转录调控因子,控制转录速率,一些增强子、沉默子甚至核心启动子就是定位在内含子中的。