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胚轴是种子植物胚的组成部分之一，为子叶着生点与胚根之间的轴体。种子萌发后，发育成连接茎和根的部分。
由子叶到第1片真叶之间的部分，称为“上胚轴”；子叶与根之间的一部分，称为“下胚轴”。
胚轴位于胚根和胚芽之间，并与子叶相连，一般很短；依据子叶着生的位置将胚轴分为上胚轴和下胚轴，即子叶着生点至第一片真叶之间，称上胚轴，而子叶着生点到胚根之间，称下胚轴。胚轴发育为连接茎和根的部分。
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