安室透并没有确定柯南的身份,他只是从各种事件中怀疑柯南,认为他并不是普通的小孩子,对他有很大的疑心,而且暗中还保护保护柯南。不过在绯色系列的片尾处,柯南对他说“你在说谎”,安室透回答道“你也没资格来说我啊”,安室透这句话可能是个暗示,这一点是作者的一个伏笔。
安室透第一次怀疑柯南,是在网球事件中,那时候柯南还不知道安室透是公安派去的卧底,本来想用麻醉针射中毛利小五郎,无奈安室透出现在自己面前,柯南只能给出各种提示,才解开了密室的谜团。
第二次是在“又甜又冷的宅急便”中,少年侦探团遇难,柯南发出了纸条求救信号,上面写着“corpse”尸体,安室透首先想到的就是柯南,随后找到了少年侦探团并救下他们,元太这边邀请他去冲矢昴家里吃蛋糕,安室透看了一眼窗户后,决定不去了,此时窗帘后面的秀一正在偷偷观察着。
两人真正交流是在“绯色”篇章中,柯南识破了安室透是公安的身份,随后和他交流,这时候安室透也是了解到柯南并不是一般人,他身上一定有很多秘密。