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赫哲族早年信仰萨满教。他们崇拜鬼神、崇拜自然界，相信“万物有灵”，万物都是神在主宰，天、地、日、月、星、辰、山川、河流、岩石、草木、水、火、风、雷、闪电都由神来主管。“火”有火神爷爷“佛架玛玛”，并供有使用火的“都热马林”神。赫哲族对火爱护备至，并有许多禁忌。“风”有风神，称“卧杜玛玛”，雨有龙神，“雷”有雷公，“闪”有闪娘娘，“山”有山峡神，“房”有房山神。
赫哲族认为每种动物都有神在主宰，因而崇拜动物。因为“动物是人不可缺少的必要的东西；人之所以为人，要依靠动物；而人的生命和存在所依靠的东西，对人类来说就是神。”从事渔猎业生产的赫哲族崇拜各种动物是必然的。这些动物有“阔里”、“克库”、“雅日格”、“塔斯和”、“布云”、“僧格”、“蹲特”、“阿都”神、“珠昆”神、“依那奇”神、“黑额恩木热”神、“珠日翟力阿金”神、“穆依嘎”神、“依斯额嫩”神。此外还有马神、野猪神、猪神、龟神、鳖神、虾蟆神等动物之神。
萨满教的诸神约有十九种，普通人家供奉的神约有十五种，共三十四种：鸟类二、兽类十三、人形偶十一、爬虫二、器物四、鱼类二。有的人说赫哲人知道多少动物和爬虫，就有多少个神。此说虽不尽然，但有一定的道理。他们相信万物有灵，这是原始宗教信仰的特征。
赫哲人相信灵魂不死。认为人有三个灵魂：第一个灵魂称“奥任”，所谓生命的灵魂，人与动物都有，人死后它就离开了肉体；第二个灵魂称“哈尼”，所谓思想的灵魂，它能暂时离开肉体，如人在睡觉时，它能与别的灵魂发生关系；第三个灵魂称“法扬库”，所谓转生的灵魂，人死后它即离开肉体，它有创造来生的能力。人死后第一个灵魂消灭了。第二个灵魂不灭，它仍然存在，到死者周年或一百天时，请萨满将其送入阴间，即所谓“撂档子”。这样，它在天堂、人间、地狱的鬼神之间，就变成一个新鬼。第三个灵魂在人死后把生前走过的路再走一遍，男子必须走七天，女子要走九天再回到死处。在“出魂”之日随勾魂鬼“呼图”回到它的来处去，再转新生的人或动物。他们相信轮回说，以为好人死后仍变为人，父子相互更替不绝，次者变成家畜，恶人则成蒿杆上的疙瘩，永远不能再投胎为人。
